Wwożone, jak też składowane towary pochodzące z krajów Unii Europejskiej, są wolne od kontyngentów ilościowych, ograniczeń wartościowych oraz wcześniejszego uzyskiwania zezwoleń celnych na ich przywóz do WOC i wywóz z WOC. Szczególnie ważne i przynoszące największe korzyści jest zwolnienie tych towarów z podatku VAT, w czasie przebywania ich w WOC.

Transakcje handlowe pomiędzy Kupującym a Sprzedającym i  dotyczące towarów znajdujących się w WOC, nie podlegają opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilno-prawnych, a towar znajdujący się w WOC można w każdej chwili przemieścić w częściach lub całości na polski obszar celny. Płaci się wówczas należności celno-podatkowe odnoszące się do przemieszczonej części towaru.
W przypadku sprzedaży towaru firmie nie prowadzącej swojej działalności w WOC można przenieść obowiązek uregulowania opłat celno-podatkowych na nabywcę.

Firmy zagraniczne, również nie zarejestrowane w Polsce, mogą składować swoje towary w WOC. Umieszczenie towaru dopuszczonego do obrotu w WOC nie wymaga zgody Urzędu Celnego. Nie wymagane jest również zabezpieczenie w formie gwarancji bankowej lub ubezpieczeniowej na pokrycie ewentualnych należności celnych i podatkowych.

Dopuszczone do obrotu towary mogą być wprowadzane do magazynu i składowane, na podstawie faktury handlowej lub faktury pro-forma.
Towary mogą być przemieszczane z jednego WOC do innego w obrębie krajów należących do EU, bez konieczności ponoszenia opłat celno-podatkowych.

Towary umieszczone w obiektach należących do WOC mogą być także przedmiotem tzw. czynności zwyczajowych:

a) prostych czynności, mających na celu zapewnienie przechowania przywożonych towarów w niezbędnych dla nich warunkach (wietrzenie, suszenie, czyszczenie, naprawa opakowań i elementów uszkodzonych w transporcie, konserwacja, schładzanie itp.),

b) zabiegów mających na celu poprawę wyglądu lub jakości handlowej towarów (łączenie i montaż drobnego wyposażenia, rozcieńczanie płynów, mieszanie towarów tego samego rodzaju i różnej jakości itp.),

c) zabiegów przygotowujących przywożone towary do dystrybucji lub odsprzedaży (sortowanie, filtrowanie, ustawianie, pakowanie, rozpakowywanie, przepakowywanie, znakowanie, wykonywanie prób, zabiegi antykorozyjne, prasowanie itp.).

W odniesieniu do czynności wymienionych w a), b), c) nie jest wymagane uzyskanie uprzedniego pozwolenia organu celnego. Istotne jest, że w przypadku wprowadzenia towaru na polski obszar celny, koszty składowania oraz koszty przeprowadzonych w/w zabiegów nie mają wpływu na wartość celną towaru będącą podstawą wymiaru cła i podatku. Towar taki jest traktowany tak, jakby te zabiegi nie zostały przeprowadzone.

Dopuszczalne jest uszlachetnianie i przetwarzanie towarów pod kontrolą celną bez obowiązku ponoszenia opłat celno-podatkowych.